在南阳市申请市政行业轨道交通工程甲级资质，需遵循以下具体手续：

前期准备

了解资质标准：详细研读《建设工程设计资质管理办法》和《建设工程设计资质标准》中关于市政行业轨道交通工程甲级资质的规定，明确企业在注册资本、技术人员、企业业绩等方面的要求。例如，企业注册资本需人民币 1000 万元以上；技术人员方面，需有多种注册专业技术人员且数量达标，还有不同职称层次的轨道交通工程设计相关专业技术人员。

成立工作小组：由企业负责人牵头，组织人力资源、技术、财务等部门相关人员成立资质申请工作小组，明确各部门职责，确保申请工作有序进行。

梳理企业情况：对照资质标准，全面梳理企业现有人员、业绩、技术装备等情况，找出差距并制定相应的弥补措施。

准备申请材料

申请表：填写《建设工程设计资质申请表》，确保信息准确、完整。

企业基本材料：提供企业法人营业执照副本复印件、企业法定代表人身份证复印件。

人员材料：包括企业技术人员的职称证书、执业资格证书、身份证复印件和近期一寸彩色照片各一张。

业绩材料：准备企业业绩的合同、批准文件、设计成果等证明材料，以证明企业近 5 年内承担过相关轨道交通工程项目业绩。

其他材料：根据住建部门要求，可能还需提供其他相关材料，如企业的财务审计报告、安全生产记录等。

网上申报：在资质有效期届满前 3 个月左右（新办无此时间限制），登录南阳市住房和城乡建设局或河南省住房和城乡建设厅指定的资质管理系统，按系统提示填写资质申请信息，并上传准备好的申报材料。

提交纸质材料：网上申报提交成功后，打印申请表，并携带相关纸质材料到当地住建部门窗口提交申请。材料应装订成册，按 “综合资料、人员资料、业绩资料” 等分类整理，方便审核。

审核环节

初审：当地建设行政主管部门对申报材料进行初步审核，检查材料的完整性、真实性以及企业人员资质、业绩情况、技术装备等是否满足资质标准要求。

实地核查（可能有）：部分地区可能会有实地核查环节，核实企业实际情况是否与申报内容相符，如企业人员是否真实在职、业绩是否属实、设备及场地等是否符合要求等。

专家评审（如有需要）：甲级资质可能需提交至更高层级主管部门组织专家评审，重点审查企业的技术实力和人员业绩。

公示与公告：审核通过后，相关资质会在官方网站进行公示，公示期一般为若干工作日。公示无异议后，会发布资质核准公告。

领取证书：企业在规定时间内前往主管部门指定地点领取市政行业轨道交通工程甲级资质证书，完成资质申请。

由于目前市政行业轨道交通工程甲级资质由住建部审批，企业在申请过程中要严格按照住建部的要求准备材料和完成申报流程1。同时可积极与当地住建部门沟通，了解最新的申请政策和审批动态，确保申请工作顺利进行1。