申请南阳市渔港渔业工程乙级资质，可参考以下步骤：

前期准备

满足申请条件：

具有独立企业法人资格，社会信誉良好，注册资本不少于 100 万元人民币。

公司近 3 年的平均净资产不低于 500 万元。

专业配备齐全、合理，主要专业技术人员数量满足资质标准要求。技术负责人具备大学本科以上学历，10 年以上设计经历，主持过相关中型项目工程设计不少于 3 项，或大型项目工程设计不少于 1 项，具备注册执业资格或高级专业技术职称。

配备必要的技术装备和现代化办公设备，有健全的质量管理体系。

企业应有承担过一定规模和复杂程度的农林工程项目的设计经验，且企业和人员业绩需包括 “农业综合开发生态工程、种植业工程、兽医 / 畜牧工程、渔港 / 渔业工程、设施农业工程” 中的 2 个类型。

准备申请材料：

企业基本材料：营业执照副本复印件、企业章程、法定代表人身份证明等。

人员材料：技术负责人的学历证书、职称证书、工作经历证明、业绩材料等；专业技术人员的职称证书、学历证书、劳动合同、社保证明等，同时需提供人员在全国建筑市场监管公共服务平台的相关信息截图。

技术装备和场所材料：技术装备清单及购置发票或租赁合同复印件；工作场所的产权证明或租赁合同复印件。

管理体系材料：质量管理体系文件，如质量手册、程序文件等；技术、经营、人事、财务、档案等管理制度文本。

财务材料：企业近 3 年的财务审计报告。

业绩材料：企业和专业技术人员的工程业绩证明材料，如项目合同、设计文件、竣工验收报告等，且业绩需录入全国建筑市场监管公共服务平台，数据等级达到 C 级及以上。

申请流程

网上申报：登录南阳市建设行政主管部门指定的资质管理系统，按要求填报资质申请信息，并上传准备好的申请材料。确保填报信息准确无误，材料清晰可辨且符合规定格式。

现场提交（如有要求）：部分地区可能要求将纸质申请材料按规定装订成册，提交至指定地点。提交时需携带企业法定代表人授权委托书及被委托人的有效身份证明。

受理与审查：主管部门收到申请后，先进行形式审查，检查材料是否齐全、符合法定形式。材料不齐全或不符合要求的，会一次性告知需补正的全部内容。形式审查通过后，进入实质审查阶段，对企业的人员、业绩、技术装备等是否符合资质标准进行核查，必要时会进行实地核查或要求企业补充其他材料。

公示与公告：审核通过后，相关信息会在官方网站进行公示，公示期一般为 10 个工作日左右，接受社会监督。公示无异议后，予以公告。

领取证：公告结束后，企业可携带相关凭证前往主管部门领取渔港渔业工程乙级资质证书。

具体申请流程和要求可能因当地政策和实际情况略有差异，建议提前咨询南阳市建设行政主管部门或相关审批机构，以确保申请工作顺利进行。