申请南阳市设施农业工程乙级资质，可按以下步骤进行：

准备申请条件：

企业基本要求：具有独立企业法人资格，社会信誉良好，注册资本不少于 100 万元人民币。

技术条件：专业配备齐全、合理，主要专业技术人员数量符合规定。企业主要技术负责人或总工程师需有大学本科以上学历、10 年以上设计经历，主持过相关中型项目工程设计不少于 3 项或大型项目工程设计不少于 1 项，具备注册执业资格或高级专业技术职称。主导专业的非注册人员应作为专业技术负责人主持过相关中型项目工程设计不少于 2 项或大型项目工程设计不少于 1 项。

技术装备及管理水平：有必要的技术装备及固定的工作场所，有较完善的质量体系和技术、经营、人事、财务、档案等管理制度。

准备申请材料：

申请表：填写相关的申请表格，包括基本信息、业绩情况、技术人员情况等内容。

单位基本情况介绍：包括企业的发展历程、经营范围、组织架构等。

领导人员简历及职称证明：企业主要领导人员的个人简历及相关职称证书。

技术人员资格证书：专业技术人员的职称证书、注册证书等。

申请设计资质的工程设计业绩材料：企业和专业技术人员的相关业绩证明，如项目合同、竣工验收报告等，且业绩应当录入全国建筑市场监管公共服务平台，数据等级达到 C 级及以上。

质量管理体系文件：企业的质量管理制度、流程等相关文件。

其他相关证明文件：如营业执照、税务登记证、组织机构代码证（已完成 “三证合一” 的企业提供统一社会信用代码营业执照）等。

网上申报：在河南省政务网提取企业及人员信息，并在勘察设计系统录入资料，生成上报资料（网上申报并打印形成附件材料），人员及业绩需要备案（合同、验收竣工、资质信息、企业信息、解聘证明等）。

递交申请材料：将准备齐全的申请材料递交至南阳市当地主管部门，如县级以上住房和城乡建设局或者相关资质管理机构。

资料审核：主管部门对申请资料进行审核，核实申请材料的真实性和完整性。

现场审核：对初审合格的申请单位进行现场审核，主要审查其技术人员配置、技术设备、质量管理体系等方面的情况。

公示与公告：审核通过后进行批前公示，公示无异议后进行批后公告。

领取证书：申请单位在公告后可前往主管部门领取设施农业工程乙级资质证书。